FlowJo 是一个用于查看和分析流式细胞仪数据的集成环境。
FlowJo 的优势在于分析包含许多相关样本的整个实验。除了门和统计外，FlowJo 还拥有专门的分析平台，用于涉及 DNA/细胞周期、动力学和增殖等分析。FlowJo 的复杂工具允许生成统计数据、图形、表格、网页，甚至影片。FlowJo 集成了远程数据托管服务 (LIMS) 并支持“云”部署，以便在要求苛刻的高吞吐量环境中实现出色的性能扩展。
使用 FlowJo 进行分析
您会发现您的 FlowJo 操作模式可能与以下一系列步骤非常相似：
- 将样本加载到工作区中。
- 为相关样本、门等创建组。
- 详细分析单个样本，创建门、统计数据等。
- 对组中的所有样本应用适当的分析。
- 检查组中样品的门：很容易进行修改以适应样品间的变化。
- 生成一个 图形布局 ，您可以在其中显示所有样本的特定图形。
- 生成一个 表格 ，您可以在其中从所有样本中创建特定的统计信息。
如果您对不同的患者进行类似的实验，您可以将工作区保存为 包含所有门、统计数据、表格和布局的模板。下周，当您对不同的病人做同样的实验时，大部分工作已经为您完成了！您只需将新样本导入模板工作区。良好的模板设计可以节省大量的软件分析时间并使报告标准化。
后门分析
一旦您的分析包含通过门内门产生的子群，以图形方式查看给定子群的来源会很有用。 Backgating 分析显示了每个门操作的图表，每个阶段的图表中突出显示了最终亚群。
批量操作
批处理操作（对多个样本执行的重复分析）可用于 在 FlowJo中创建布局 和 表格。通常，对当前组中的所有样本执行批处理操作（因此，您需要创建有助于生成批处理输出的样本组）。通过这种方式，FlowJo 是一个不仅仅分析单个数据样本的程序。相反，重点是一次分析多组样本、实验甚至多个实验。
细胞周期分析
FlowJo 有一个 细胞周期平台 ，它使用多个模型来拟合数据，约束拟合参数，并自动计算 G1、S 或 G2 阶段的细胞百分比。所有模型都可以复制到其他群体或样本，使用相同的简单拖放界面来传播其他门或分析。
补偿（Compensation）
FlowJo 中的补偿工具处理了污点的光谱重叠。用于计算补偿矩阵的 界面 基于单染色对照样本的集合。然后，您可以将此补偿矩阵应用于多染色样品。FlowJo 将补偿参数添加到多染色样本中，以便您可以查看和分析补偿数据。
派生参数
FlowJo 允许您 为样本定义新参数 。这些可能包括缩放参数（以扩展感兴趣区域）、时间参数（用于执行动力学分析）、比率参数或在对数和线性缩放之间转换的参数。派生的参数定义可以复制到整个样本组。
实验、工作区 和组
一个实验可以是单个样本集合，也可以是在几个月内跨越多个集合。无论您的研究规模或时间框架如何，该软件都足够灵活，可以满足您的实验需求。工作区显示样本总体 ( Gates ) 的层次结构和在分析中创建的统计数据。您可以随时保存、关闭和重新打开工作区，然后从上次中断的地方开始。您可以同时打开多个工作区，并在工作区之间拖放样本和门。工作区包括应用的门、计算的统计数据以及您设计的表格和图形布局。如果您保存工作区，您将保存所有方面。在工作空间内，可以根据所选属性将样本添加到组中。 例如，您可以制作一组具有相似污渍的样本或按患者分组样本。组是 FlowJo 的一个强大功能，当您对组执行操作时，它会对属于该组的每个样本执行操作。
FCS扫描
FCS 扫描工具将扫描本地或远程文件系统中的 FCS 文件。当您想要查找符合特定标准（染色协议、操作员 ID、运行日期、机器等）的 FCS 文件，或者当 FCS 文件已移动并需要重新定位时，此实用程序非常方便。
门层次结构
FlowJo 中的另一个基本概念是 门层次结构。当您第一次在样本上生成门（即淋巴细胞门）时，FlowJo 会在系谱树的范式中向您显示这个门（子集种群）。换言之，淋巴细胞子集是父样本的子集。它显示在工作区中在样本下方，从样本中缩进一个级别。如果您要对样本（即单核细胞）创建另一个门，FlowJo 将创建另一个新子集作为样本的另一个子集；现在，淋巴细胞和单核细胞门是兄弟姐妹。您可以对样本执行的任何操作也可以对样本的子集执行。因此，您可以查看淋巴细胞子集并创建此群体的门（子集）。如果您在淋巴细胞内创建一个 T 细胞门，那么 T 细胞亚群将成为淋巴细胞的子代（进而成为样本的孙代）。
动力学（Ca++ 通量）分析
FlowJo 提供了一个复杂的平台，旨在分析 动力学 数据。FlowJo 寻找与时间相对应的参数（并命名为“时间”）；如果没有，FlowJo 允许您创建时间参数（假设事件率恒定）。在 Kinetics 平台上，您可以计算最大响应时间、响应斜率、响应细胞的比例等。
影片
FlowJo 独有的分析平台：动态查看您的数据。使用图形窗口或布局编辑器影片生成作为时间函数的图形（动力学分析），或生成一个或两个参数作为第三个函数的图形。这种独特的可视化让您可以发现数据中无法看到的微妙关系。
板编辑器
一个全新的平台，用于注释、分组和组织基于板的流式细胞术数据，它具有用于板元数据注释的工具、导入 CSV 文件以进行快速板注释以及设置 滴定注释的能力。
人口比较
人口比较平台是一种用于评估文件之间人口统计差异的工具。
扩散分析
增殖平台 用于模拟使用细胞示踪染料（如 CFSE）获得的增殖数据。 FlowJo 提供图形显示以及有关子集中每一代的信息。增殖平台还提供有关原始种群中已分裂的细胞比例以及这些细胞分裂的次数的信息。此外，该平台还绘制了分隔每一代的门。
统计和公式
可以对一个亚群执行大量标准 统计计算，然后通过批处理将其推广到整个实验。FlowJo 将跨您指定的样本组构建统计分析表。只要您修改实验，这些表格就会不断更新。例如，对门的更改将导致与门相关的任何统计信息更新。您可以将表格导出 到电子表格或数据库。您还可以在 FlowJo 中设计和应用您自己的公式，并使用它的工具来完成跨多个人群的分析，而无需繁琐的重复工作。您创建的表可以从一个工作区拖放到另一个工作区。
