流式细胞仪软件指南
如何为您的流式细胞仪分析选择合适的软件
确定“最佳”流式细胞仪软件很复杂，因为它取决于特定需求、工作流程和研究目标。
数据复杂性、协作和集成需求等因素都在确定最合适的软件方面发挥作用。
然而，基于市场上众多选择的经验和评估，我们已经编制了一份我们认为在流式细胞术分析的各个方面表现出色的顶级竞争者名单。
什么是最好的流式细胞仪软件？
为了使本文简洁，我们选择了我们认为最适合您和您的实验室的流程软件选择。
最好的流式细胞仪软件：
- FlowJo：具有庞大用户群的传统分析
- OMIQ：基于云的现代和用户友好的经典和高维分析
- FCS Express：具有类似PowerPoint界面的桌面软件，在法规遵从性方面很受欢迎
- Cytobank：基于云的高维数据分析平台
- 进一步和免费选项：这些替代方案可能会满足不同的需求和预算
继续阅读，探索考虑流式细胞仪分析软件每个入围选项的关键原因。
请记住，适用于一个实验室的软件可能不适用于另一个实验室。最好的软件是满足您当前需求并能适应未来需求的软件。
FlowJo
你要知道的要点：
- 支持传统、光谱和质量分析的桌面程序（在机器容量范围内）
- 可用于许多高级生物模型和统计工具的插件
- 为使用BD仪器和BD软件进行实验而设计的单独协作云
- 基于Web的门户，用于验证桌面软件的用户许可
（仅许可选项适用于较新的FlowJo版本） - 无Prism集成（手动过程）
选择FlowJo进行流式细胞术分析的主要原因：
- 附加组件和可扩展性：FlowJo通过各种插件和补充程序提供可扩展性，支持实验设置、高级分析、数据共享和单细胞测序等任务。它适合用户轻松管理多个许可证并在不同软件解决方案之间切换。
- 依赖于R的分析：具有强大R专业知识的用户可能会有信心安装和设置运行FlowJo的许多依赖于R的功能和插件所需的R包，例如用于自动门控的功能和插件，这需要正确安装和理解R和Rtools（适用于PC）或XCode/XQuartz（适用于Mac）。
- 本地处理：FlowJo在本地执行分析，使其适用于具有高本地处理能力和存储空间的用户。据报道，动力不足的设备会导致滞后和冻结。
- 传统声誉和假定的依赖关系：FlowJo甚至在被医疗技术巨头BD收购之前就已经是一个著名的产品，它受益于其遗产和BD的广度。一些专家很快适应了陡峭的学习曲线，而另一些专家则认为他们被锁定在现有的BD机器或软件中。
- 基本可视化和图形工具（无Prism集成）：很少依赖专业程序（如GraphPad Prism）的团队可能会通过FlowJo的可视化和图形工具找到他们想要的东西；但是那些想要利用Prism的人将面临一个繁琐的过程，需要以标准格式（如CSV）从FlowJo导出文件，然后手动重塑它们，如通过中间电子表格编辑器或脚本。
OMIQ
你要知道的要点：
- 强大的云平台，用于传统、光谱和质量细胞术数据的经典和高级高维分析
- 在线协作和共享，包括可审计和可重现的分析管道
- 自动门控和30多种本机集成算法
- 通过Dotmatics Luma实现仪器、ELN、数据库和分析的端到端连接
- 选择结果导出格式(PRISM、CSV、PDF、FCS、PPT、PNG、SVG)并从OMIQ直接导出到GraphPad Prism
选择OMIQ进行流式细胞术分析的主要原因:
- 完整的云分析平台：OMIQ为经典和高级高维流式细胞仪分析、可视化、工作流创建、数据共享和协作提供了一个中心枢纽。
- 快速分析和棱镜集成：通过直接OMIQ到Prism集成，以及广泛的查看和导出工具，OMIQ能够实现快速分析，并在几分钟内让用户从想法到XY、分组和列图（以及更多）。
- 简化的用户体验：OMIQ无需数据重塑、软件更新、插件下载和依赖维护，真正优化用户体验和工作流程。
- 自动化工作流和数据流：OMIQ支持几乎完全自动化的工作流和元数据管理，减少手动数据处理及其相关风险。
- 长期数据价值：与Luma相结合，OMIQ允许将数据与其他数据集集成和建模，例如测序数据、增强创意生成和提供长期价值。
除了我们上面介绍的内容之外，OMIQ包含在Dotmatics Luma流式细胞术工作流程中有助于仪器、数据库和ELN集成。这改变了获取原始数据、执行分析和将见解推回更广泛的R&D环境的过程。
OMIQ是首选的流式细胞仪分析软件。它快速、现代、基于云并与Prism集成。
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FCS Express
您需要知道的要点:
- 具有类似PowerPoint界面的一体化桌面程序
- 符合GxP的验证就绪包
- 全面的流式细胞仪支持（流量、光谱、质量、图像）
- 经典和高级高维分析
- 从FCS Express直接导出到GraphPad Prism
- 与Dotmatics Luma和自定义LIS/LIMS/ELN集成
选择FCS Express进行流式细胞术分析的主要原因：
- 具有灵活许可选项的一体化解决方案：凭借其熟悉的外观和感觉、广泛的经典和高级分析功能、全面的流式细胞仪覆盖范围、可重用的分析模板和高级绘图工具，FCS Express可以在一个易于使用、无插件的软件包中为许多组织提供其不同团队进行流式细胞仪分析所需的一切。各种各样的许可证类型可满足不同的需求（例如，可共享的USB或互联网加密狗、基于用户的站点许可证、基于服务器的网络许可证）。
- 临床和监管版本：FCS Express提供不同的版本，包括用于监管环境的验证就绪包和用于诊断实验室的临床版，支持符合CFR 21第11部分。该软件包通过提供安全、审计跟踪和电子签名等集成功能，连贯地满足监管和计算机系统验证（CSV）要求，确保符合CFR 21第11部分。
- 实时更新：由于实时图表，FCS Express用户避免了更新图表、统计数据和图表以反映门、象限和标记的变化的头痛。变化会在两端自动实时反映。
- 专业研究支持：FCS Express可以支持进行专业分析的团队的独特研究需求，如细胞增殖、脱氧核糖核酸细胞周期、动力学（如钙通量）和高通量平板分析。直接导出到Dotmatics Luma和定制LIS/LIMS/ELN，允许轻松快速地将FCS Express衍生的数据与其他来源生成的数据集成。
- Prism集成和发布就绪结果：FCS Express允许用户直接轻松地生成高质量的图形和报告（例如PowerPoint、PDF），并且可以快速导出到GraphPad Prism，而无需任何繁琐的重新格式化任务。
FCS Express是成为您首选流式细胞仪软件的有力竞争者。它基于桌面，具有类似于PowerPoint的熟悉界面并与Prism集成。
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Cytobank
你要知道的要点：
- 流式细胞仪数据分析的基于云的架构
- 支持多个研究人员之间的协作工作流
- 旨在处理大型复杂的流式细胞仪数据集
- 提供高级分析功能，包括降维和聚类
- 支持多种流式细胞仪数据格式
选择Cytobank进行流式细胞术分析的主要原因：
- 基于云的平台：Cytobank是一个基于云的软件解决方案
- 协作功能：该平台促进了同时处理相同数据的多个研究人员之间的协作。
- 大型数据集管理：Cytobank旨在处理和分析大型、高维流式细胞术数据集。
- 灵活的数据集成：Cytobank支持多种流式细胞仪数据格式，并与一些数据存储库集成。
- 安全环境：该平台以安全、符合HIPAA的方式运行，这可能是涉及敏感信息的研究的考虑因素。
值得注意的提及
虽然我们已经强调了一些顶级流式细胞仪软件竞争者，但还有其他几个选择值得考虑。这些替代方案可能会满足不同的需求和预算。
- Kaluza-高维分析并与Beckman Coulter仪器集成
- CytExpert-针对Beckman Coulter仪器集成进行了优化
- Flowlogic-适合所有技能水平的用户友好界面
- WinList-用于更简单任务的经典软件选项
- 免费流式细胞仪软件
有几种免费的流式细胞仪分析软件选项可用，它们可以适用于特定的用例或预算紧张的情况。然而，谨慎对待这些选项很重要。自由软件可能缺乏研究界广泛信任的付费产品所附带的功能、彻底的测试和技术支持。
在选择免费软件之前，我们建议尝试免费试用商业流式细胞仪软件。这些试验通常提供足够的时间来彻底测试所有功能并熟悉产品。如果您发现需要更多时间来完成您的项目，您将有一个可靠的比较基准。此外，许多实验室使用商业软件，因此获得使用这些工具的经验可能是有益的。
仪器集成
在流式细胞仪研究中集成仪器可以显着提高效率、数据质量和整体科学工作流程。通过将流式细胞仪与其他设备和系统连接，研究人员可以简化数据采集、分析和共享。
如何集成仪器？
Dotmatics Luma是一个强大的平台，可以通过集成仪器、外部系统和数据分析工具来显着增强流式细胞术工作流程。
- 当与OMIQ等其他程序结合使用时，Luma简化了从仪器到洞察的整个流式细胞仪分析过程
- 集成ELN、流式细胞仪、外部系统/数据和Dotmatics流式细胞仪分析软件
- 数据的智能解析和标记
- 基于云的数据存储、共享和分析
- 语境化、多模态数据分析
用户选择Dotmatics Luma来管理其流式细胞术工作流程的主要原因
- 端到端工作流程支持：从实验设计到自动控制再到高级分析，流式细胞仪工作流程从未如此紧密；团队所需的所有数据、仪器、系统和分析工具都集中在一个解决方案中，这是流式细胞仪数据管理的主要优势。
- 无缝数据流：由于智能FCS文件标记、元数据捕获和自动上传，科学家不需要浪费时间注释、按摩和移动数据，内部开发团队也不需要创建自己的变通方法或impossible-to-upkeep数据库。
- 更轻松的数据访问和协作：具有安全访问管理的集中式云数据存储意味着通过Dotmatics流式细胞术分析软件始终可以搜索、共享和高级分析组织良好和标记的数据。
- 深度洞察：可以对照与Luma相关的其他数据源（例如临床、试验、患者）检查分析的流程结果，帮助研究人员发现趋势、建立相关性并获得推动其工作的见解。
- 优化的用户体验：集成解决方案简化了从准备和上传流程结果到搜索数据集到执行分析的一切，而无需不断切换软件。当您的R&D解决方案与您合作而不是与您对抗时，生活会更轻松。
Luma如何连接流式细胞仪工作流程
我该如何选择？
现在是时候深入研究并探索您团队最大的需求和挫折了。要为您选择最好的流式细胞仪软件，评估研究实验室的软件解决方案有三个关键步骤。该过程包括：
- 通过识别基本特征和痛点来定义基线需求
- 通过动手试验评估可用性并考虑可访问性和用户友好性等因素
- 评估对工作流程、可扩展性和长期研发目标的更广泛影响
通过遵循这些步骤，实验室可以对最能支持其在细胞术和相关研究领域不断增长的产出和不断变化的需求的软件做出明智的决策。
1.定义您的基线要求
列出您团队的最大需求和痛点。哪些功能是支持您的工作流程的绝对必备功能？
考虑以下因素及其对您的影响：
- 广泛的经典和高级高维分析工具（例如，用于经典分析的批处理功能和自动化、清理和批处理归一化、降维、聚类、微分表达式、轨迹映射、统计、自动门、ML算法等）
- 易于访问和维护最需要的功能（例如，具有依赖项的本机功能或插件）
- 支持特殊情况（例如，临床或监管要求、不同的细胞计数类型、特定的实验类型）
- 与数据集大小和分析需求相关的计算能力（例如桌面或云）
2.评估可用性
通过试用或演示获得第一手资料。该解决方案将如何优化日常工作并缓解常见的挫败感？
考虑以下因素及其对您的影响：
- 通过桌面或云访问
- 完成常见任务的效率和直观性（例如，布局、门控、绘图编辑、补偿或解混合、绘图、可视化等）
- 省时和减少错误的功能（例如，开发工作流程、可重用模板、自动门控、数据标记）
- 新用户和新手用户的学习曲线
- 提供深度培训和客户支持
- 促进实验室、地点和用户之间的数据共享和协作
- 轻松将数据导出到其他必要的软件，如GraphPad Prism
3.看大局
超越个人需求。该解决方案能否支持端到端协作工作流程并解决更广泛的R&D和IT问题？
考虑以下因素及其对您的影响：
- 能够在从初始实验设置到仪器数据采集再到高级分析的整个端到端工作流程中满足不同用户的独特需求
- 支持下游分析（例如，使用多模态数据集建模；导出到其他专业软件）
- 可扩展性（例如，添加新功能、采用供应商的其他解决方案、与您的技术堆栈集成）
- 可扩展性（例如，添加用户、处理不断增长的输出和分析需求）
- 许可选项和维护成本（例如，定价和许可选项的灵活性、行政和信息技术需求的负担）
- 安全性（例如，用户身份验证、访问控制、数据保护措施）
我们的入围名单
正如我们在本流式细胞仪软件指南中所述，流式细胞仪分析领域正在迅速发展。现代研究需要复杂的工具，能够处理复杂的高维数据，同时促进与其他研究模式的协作和集成。无论您选择OMIQ基于云的流分析创新还是FCS Express的桌面多功能性，这两种解决方案都比传统软件具有显著优势。它们解决了现代流式细胞仪团队面临的关键挑战。
OMIQ：流式细胞术领域领先的基于云的创新
OMIQ是希望拥抱流式细胞术分析未来的个人和团队的选择。
- 经典和高级高维分析的无缝集成
- 强大的在线协作功能
- 超过30种用于自动分析的本机集成算法
- 与GraphPad Prism直接集成以简化数据可视化
- 通过Dotmatics Luma、桥接仪器、ELN和数据库实现端到端连接
对于寻求最大限度地提高效率、协作和分析能力的研究团队，OMIQ提供了一个全面的解决方案，可以适应日益复杂的细胞术数据。
FCS Express：多功能性与熟悉性相结合，以获得快速结果
对于那些喜欢具有熟悉界面的基于合规的桌面解决方案的人，FCS Express提供了一个引人注目的替代方案。
- 具有类似PowerPoint界面的多合一桌面程序
- 适用于临床和监管环境的专业版本（GxP合规性）
- 全面支持各种流式细胞仪类型（流量、光谱、质量、图像）
- 实时图表和实时更新功能
- 直接导出到GraphPad Prism并与Dotmatics Luma轻松集成
FCS Express将易用性与强大的分析能力相结合，使其成为重视合规性和更短学习曲线的团队的绝佳选择。
做出你的选择
无论您选择OMIQ基于云的创新还是FCS Express的桌面多功能性，这两种解决方案都比传统软件具有显著优势。它们解决了现代流式细胞仪团队面临的关键挑战。FlowJo当然是另一个流行的流式细胞仪软件选项。虽然它不能提供与OMIQ或FCS Express相同水平的创新，但它一直是许多研究人员的传统选择。
我们鼓励您利用OMIQ和FCS Express的长时间免费试用。两者都是即时访问，不需要与任何人交谈。玩示例数据集或上传您自己的数据集，以快速比较您当前的工作流程，看看你喜欢或不喜欢它们。
通过选择符合您团队特定需求和未来目标的解决方案，您将有能力站在细胞仪研究和发现的前沿。
