软件应用 · 2021年11月28日

什么是Vegan?

什么是Vegan?

Vegan是一个为群落生态学家设计的R软件包。它包含了分析生态群落所需的最流行的多变量分析方法,以及多样性分析的工具和其他潜在的有用功能。Vegan不是独立的,但它必须在R统计环境下运行,而且它还依赖于许多其他的R软件包。Vegan是自由软件,根据GPL2许可发布。

什么是R?

R是一个用于统计计算和图形的系统。它包括一种语言和一个带有图形的运行环境,一个调试器,对某些系统功能的访问,以及运行存储在脚本文件中的程序的能力。

R有一个主页:https://www.R-project.org/。它是在GNU风格的复制权下发布的自由软件,也是GNU项目(”GNU S”)的正式组成部分。

如何获得vegan和R?

R和vegan的最新发布版本都可以通过CRAN获得。vegan的不稳定开发版本可以通过GitHub获得。以前vegan是在R-Forge中开发的,但在转移到GitHub之后,R-Forge的仓库已经过时了。

vegan依赖于哪些R软件包?

vegan依赖于permute包,该包将为vegan提供先进而灵活的互换程序。permute包是在GitHub上与vegan一起开发的。

一些单独的vegan函数依赖于MASS、mgcv、parallel、cluster、lattattice和tcltk等包。这些都是基础或推荐的R包,在每个R安装中都应该有。Vegan将这些包声明为建议或导入的包,你可以安装Vegan并在没有这些包的情况下使用其大部分功能。

Vegan伴随着一个用于三维和动态绘图的支持包vegan3d。vegan3d软件包需要非标准的软件包rgl和scatterplot3d。

还有哪些包可以供生态学家使用?

CRAN任务视图包括像Environmetrics、Multivariate和Spatial这样的条目,描述了几个有用的包和函数。如果你安装了R包ctv,你可以从你的R会话中检查任务视图,并自动安装最重要的包集。

更多内容:

https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vignettes/FAQ-vegan.html