运行 CANOCO 和 CANODRAW
（4.5 之前的版本）
这部分几乎绝迹了！我是将其留在网络上，以防万一您拥有早期版本的 CANOCO 安装在您的实验室中，并且负担不起（或尚未订购） 最近升级。下面讨论的大多数问题目前无关紧要，或仅具有历史意义。本页的大部分内容涉及版本 3.x。
对于版本 4.5 及更高版本，文档已经有了很大的改善，几乎不需要额外的指南 （除非您有盗版软件，在这种情况下，请向当局报到）。
本节介绍该程序的 DOS 版本（CANOCO 3.x）。这较新的Windows95 版本更流畅，更易于使用。如果你是使用它，请浏览此部分，然后跳转到 CANOCO 适用于WINDOWS。
另请阅读输入CANOCO的数据格式， DECORANA 或 TWINSPAN
我在这里对 CANOCO 和相关计划的报道并不意味着背书。它只是为了澄清一些最常见的问题 在最常用的软件包之一中遇到问题。
请注意，CANOCO 和 CANODRAW 有自己的手册。正因为如此，我是仅粗略概述了 CANOCO 和 CANODRAW 的使用。
要在 CANOCO 上执行分析并查看图形输出，常规程序是：
1. 使数据成形：全格式或缩小的压缩格式，另存为 ASCII 文件。
2. 运行 CANOCO 并回答问题。
3. 运行 CANODRAW。
CANOCO创建两个输出文件（默认情况下，CANOCO.OUT 和 CANOCO.SOL），以及名为 CANOCO.CON 的文件，其中包括有关您所做的选择的信息，如以及您使用和创建的文件。
重命名 CANOCO.CON 文件以用于描述数据集的操作通常是值得的。 设置;例如：“OK-BIRDS.CON“用于俄克拉荷马州鸟类的研究。如果您不重命名它，下次运行CANOCO时该文件将被覆盖。
CANODRAW使用“*.con”文件中的信息来绘制输出。
也可以编辑 *.con 文件以稍微更改运行时参数（例如，使用不同的数据集进行输入），然后再次运行 CANOCO （这可以在 Windows95版本 的 CANOCO 环境中完成）。
使用或由CANOCO或CANODRAW制作的重要文件
这以下是 CANOCO 软件包中使用的最重要的文件类型。 还有一些其他类型的文件可以选择使用或生成。以下大多数是 ASCII 文件，因此可以在文字处理器或文本中查看编辑。我强烈建议使用“非比例” 字体（如 Courier）来查看这些文件。“比例” Times New Roman 或 Arial 等字体为小写字母提供的空间较小（例如 i） 和 more 表示大写字母（例如 m），以及 因此，列不能很好地排列。ASCII 文件很容易导入 转换为电子表格、统计包或图形包以进一步显示或分析。在输出已准备好使用之前可能需要进行一些额外的处理 ;详细信息将取决于您的软件包。
下面的大多数文件可以有备用扩展名，例如 “*.txt”，“*.dat”，“*.prn”或任何你喜欢。但是，我建议采用独特的扩展，例如下面，以避免混淆。
|
*.con |
Console 文件;由CANOCO生成。它包含分析的说明 。 |
|
*.spe |
物种文件;由用户生成。它包含物种丰度信息，物种名称和样品名称。 |
|
*.env |
环境文件;由用户生成。它包含环境变量，这些变量的名称和样本名称（应与物种文件中变量一致）。 |
|
*.cov |
协变量文件;由用户生成。它的格式与环境文件一致。实际上，协变量文件与环境文件是同一个文件通常是明智的。 |
|
*.out |
输出文件;由CANOCO生成。这包括物种评分、样本评分、 根据所选择的分析和选项，各种其他输出。理论上，输出文件应该比解决方案文件更容易阅读和理解。 |
|
*.sol |
解决方案文件;由CANOCO生成。除了形式更简单之外，它包含的信息与输出文件基本相同。CANODRAW可以读取解决方案文件以生成图形输出。 |
|
*.psc |
Postscript 文件，由 CANODRAW 生成。一个文件(不是ASCII！)以及用于产生图形图像的postscript打印机的指令。在Canoco for Windows中。psc文件可以输入到CANOPOST进行进一步编辑。 |
|
*.pun |
分类文件，由 TWINSPAN 或 CANODRAW 生成 – 它包含以下信息： 物种、样本或已分类环境变量，以便分类的结果可以在CANODRAW和/或CANOPOST中显示为排序的一部分。 |
|
*.exe |
可执行文件（或较新的术语，“应用程序”），包含程序。这些不是 ASCII，不容易查看。 |
一般流程图
PCA、CA、DCA：
|*.out —>给您查看
*.spe ———–> |*.sol |————-> Graphical|–>打印或
Canoco.exe |*.con |————-> Output |–>*.psc文件
Canodraw.exe
CCA、DCCA 或 RDA：
|*.out —>给您查看
*.spe|———–>|*.sol |————-> Graphical|–>打印或
*.env|———–>|*.con |————-> Output |–>*.psc文件
Canoco.exe Canodraw.exe
pPCA、pCA、pDCA
|*.out —>给您查看
*.spe|———–>|*.sol |————-> Graphical|–>打印或
*.cov|———–>|*.con |————-> Output |–>*.psc 文件
Canoco.exe Canodraw.exe
pCCA、pDCCA、 pRDA
*.spe| |*.out —>给您查看
*.env|———–>|*.sol |————-> Graphical|–>打印或
*.cov| |*.con |————-> Output |–>*.psc 文件
Canoco.exe Canodraw.exe
运行CANOCO建议
在运行CANOCO之前，您可能希望打印出所有样品的列表、样品编号、所有物种的列表、物种编号，以及(如果您正在执行直接梯度分析)所有环境变量的列表以及变量编号。这将使您在决定省略、加权、转换等样品/物种/变量时更加容易。
CANODRAW菜单树
CANODRAW是一个非常灵活的程序。我一直在发现关于它的新东西–其中许多东西在手册中没有完全描述。使用CANODRAW最困难的部分之一是在菜单中导航。我强烈建议你复印CANODRAW手册第5节的前几页。这是菜单树的打印轮廓。当你在CANODRAW中探索时，在这个副本上记下笔记。这会帮助你下次记得！
CANOCO for WINDOWS
与之前的版本相比，Canoco for Windows的用户界面和手册都有了很大的改进。一般程序大致相同，但有以下例外:它需要Windows 95、Windows NT或更高版本(请查看CANOCO主页了解更多详细信息)
· 不再生成输出文件 （*.out）。 但是，可以选择生成日志文件 （*.log）。
· 有一个新工具，WCanoImp， 用于将数据从电子表格传输到 ASCII 文件。
· CANODRAW可以通过CANOCO中的按钮访问。
· 新版本的CANOCO可以处理更多的物种， 样本和变量比以前的版本。对于4.0之前的版本 ，有一些内存限制 – 所以 对于大型数据集，您仍然需要依赖替代图形程序。
· 来自CANODRAW的结果可以保存到一个文件中，并用一个新的程序CANOPOST进行编辑，该程序可以生成更高质量的图形，在大多数情况下适合发表。CANOPOST可以选择性地生成canopost文件(*。cps)，可用于将来的编辑。CANOPOST图像可以被复制并粘贴到其他Windows应用程序中，并获得不同程度的成功。
· *.con文件在CANOCO环境中更容易编辑、重命名、复制和重新运行。
适用于 CANOCO for Windows的一般流程图
所有技术 （可选）：
Data, copied from spreadsheet into clipboard ———–> *.spe and/or *.env and/or *.cov
CanoImp.exe
PCA、CA、DCA
*.spe ———–> |*.sol |————-> 图形|–>打印或 |———–> *.cps 文件和/或
Canoco.exe |*.con |————-> 输出 |–>*.psc 文件|———–> 良好 质量图表
Canodraw.exe Canopost.exe
CCA、DCCA 或 RDA
*.spe|———–>|*.sol |————-> Graphical|–>print or |———–> *.cps file and/or
*.env|———–>|*.con |————-> Output |–>*.psc file|———–> Good quality graphs
Canoco.exe Canodraw.exe Canopost.exe
pPCA、pCA、pDCA
*.spe|———–>|*.sol |————-> Graphical|–>print or |———–> *.cps file and/or
*.cov|———–>|*.con |————-> Output |–>*.psc file|———–> Good quality graphs
Canoco.exe Canodraw.exe Canopost.exe
pCCA、pDCCA、 pRDA的
*.spe|
*.env|———–>|*.sol |————-> Graphical|–>print or |———–> *.cps file and/or
*.cov| |*.con |————-> Output |–>*.psc file |———–> Good quality graphs
Canoco.exe Canodraw.exe Canopost.exe
此页面由Michael Palmer创建和维护。
